Ziele des Programms sind mehr Wettbewerbsfähigkeit, Innovation, Beschäftigung und Bildung. Gleichzeitig werden Umwelt , Energie und Verkehrsthemen angegangen. Einen zusätzlichen Schwerpunkt bilden Forschung und Innovation mit 25 länderübergreifenden Initiativen. Mehr Energieeffizienz und eine stärkere Nutzung erneuerbarer Energien in öffentlichen Gebäuden und im Wohnungsbau sind weitere Themen. Ferner soll das gemeinsame Natur- und Kulturerbe, insbesondere am Bodensee und am Rhein, noch an Attraktivität gewinnen.
In dem Programm übernehmen unsere baden-württembergischen Partner auch in der aktuellen Förderperiode die Rolle der Verwaltungsbehörde, die im Regierungspräsidium Tübingen angesiedelt sein wird. Ferner hat sich das Fördergebiet im Vergleich zur Strukturförderperiode 2007-2013 leicht vergrößert.